Licencje krajowe (Gaussian)
Zasady dostępu do licencji
- Umieszczanie w publikacjach, na plakatach itp. informacji o wykorzystanym oprogramowaniu według informacji na stronie Gaussiana.
- Umieszczanie w publikacjach, na plakatach itp. informacji o miejscu wykonywanych obliczeń.
- Sprawozdanie dotyczące wykorzystania oprogramowania Gaussian udostępnianego przez UCO powinno zawierać następujące informacje:
- określenie tematyki badawczej (spis bieżących, planowanych i ukończonych projektów/grantów), do realizacji której program jest wykorzystywany – wystarczy wypunktowana lista tematów;
- lista publikacji, powstałych dzięki wykorzystaniu oprogramowania Gaussian;
- wykorzystywanie oprogramowania w realizacji prac licencjackich, magisterskich oraz doktorskich itp. – należy podać tytuły oraz autorów i ich afiliacje.
Gaussian
Gaussian to jeden z najpopularniejszych i najczęściej używanych programów do obliczeń kwantowo-mechanicznych. Dzięki łatwości użycia już po kilku minutach można przygotować dane wejściowe do programu (input), a dzięki wielorakim możliwościom programu można uzyskać interesujące nas informacje o układzie molekularnym. Obecnie dzięki modelowi ONIOM zakres stosowania tego oprogramowania znacznie sie rozszerzył – można bowiem łączyć obszary, które chcemy badać na poziomie ab initio z obszarami opisywanymi na bardziej uproszczonym poziomie (półempirycznym, czy mechaniki molekularnej).
Wśród wielu możliwości najczęściej wykorzystywane są:
- obliczenie energii oraz optymalizacja struktury układu na poziomie półempirycznym, HF, post-HF (MP2, MP4, CI, QCISD, CCSD, CBS itp.), DFT;
- wyznaczanie stanów przejściowych (TS) reakcji;
- obliczanie częstości drgań (widm w podczerwieni i ramanowskich);
- wyznaczanie energii tworzenia (thermochemical properties);
- wyznaczanie momentów multipolowych, ładunków atomowych, polaryzowalności, hiperpolaryzowalności;
- wyznaczanie rozkładów gęstości elektronowej, potencjału molekularnego (MEP), kształtu orbitali molekularnych;
- wyznaczanie stałych ekranowania i przenikalności magnetycznej (NMR).
Oprogramowanie Gaussian może być uruchamiane praktycznie na każdym komputerze – od PC (Windows, Linux), poprzez stacje robocze (SGI, SUN, IBM itd.), po komputery dużej mocy typu CRAY (SV1, T3E), NEC SX, SGI Origin 3000, i inne. Na komputerach równoległych Gaussian może być wykonywany na kilku procesorach jednocześnie zarówno w modelu SMP, jak i distributed memory.
Oprogramowanie jest ciągle rozwijane przez kilka grup naukowców na całym świecie.
Przykładowy skrypt PBS
Ze względu na limit miejsca w katalogu home użytkownika, proponujemy prowadzenie obliczeń w katalogu /scratch. Poniżej przykładowy skrypt z możliwością zapisu w katalogu /scratch.
#!/bin/bash -l
#PBS -l select=1:ncpus=16
#PBS -l walltime=168:00:00
#PBS -q gaussian
#PBS -l pmem=55gb
#PBS -A GO-008
source .login
cd $PBS_O_WORKDIR
mkdir -p /scratch/$USER/$$
export GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER/$$
g16 CBS-QB3_GAS_R1_4OO_a.com CBS-QB3_GAS_R1_4OO_a.log
# sprawdzamy zajetos i czy nie zostaly smieci w TMP
#df -h /scratch
du -hs /scratch/$USER/$$
# zakomentuj ponizsze linie, jesli chcesz zachowac pliki tymczasowe
/bin/rm -fr /scratch/$USER/$$
/bin/rm -fr /tmp/$USER/$$/