Podstawy HPC
Esperanto – nasz nowy system HPC z OpenHPC i CentOS 7
W UCO wdrożono nowy system klastra obliczeniowego – esperanto. Został on zbudowany w oparciu o nowoczesne, otwartoźródłowe oprogramowanie OpenHPC i dystrybucję CentOS 7.7. Dotyczasowa konfiguracja klastra oparta była na szóstej wersji systemu CentOS, która nie jest już oficjalnie wspierana. Nie mieliśmy również wsparcia na zainstalowany nań Fujitsu HPC. Nowy klaster został zaprojektowany jako uniwersalne środowisko mogące zapewnić realizację szerokiego spektrum symulacji w różnych dziedzinach zainteresowania naszych użytkowników
Ustawianie środowiska
Polecenia module służą do ustawienia środowiska obliczeniowego. Przykładowe sposoby użycia:
module list # wypisuje listę obecnie załadowanych modułów użytkownika
module avail # wypisuje listę wszystkich dostępnych modułów (m.in. wszystkie dostępne wersje kompilatorów)
module avail -t 2>&1 | grep -i <soft_name> # wypisuje listę wszystkich dostępnych modułów (case insensitive)
module load [modulefile ...] # ładuje moduł o nazwie modulefile
module unload [modulefile ...] # usuwa moduł
module swap oldmodule newmodule # podmienia moduł oldmodule na moduł newmodule
module help [modulefile ...] # wyświetla informację na temat modułu (czasem niestety niewystarczającą, więcej można odnaleźć po załadowaniu modułu i odwiedzeniu odpowiedniej strony manuala)
module display [modulefile ...] # wyświetla zawartość danego modułu (zwykle są to komendy ustawiające zmienne środowiskowe)
Czasami rzeczywistość jest inna niż nam się wydaje. Do sprawdzenia przydają się polecenia:
which moja_aplikacja # pokazuje która wersja aplikacji jest domyślna
whereis moja_aplikacja # pokazuje scieżkę do aplikacji
moja_aplikacja --version
moja_aplikacja --help
ldd sciezka_do_folderu/moja_aplikacja # print shared library dependencies
echo $PATH
set # pokazuje/ustawia zmienne powłoki (shell)